ตามที่หอจดหมายเหตุพุทธทาส อินทปัญโญ วางแนวงานด้วยระบบธรรมภาคีที่ ธรรมได้คน คนได้ธรรม ในลักษณะต่างๆ นั้น  จากพัฒนาระบบและทดลองปฏิบัติการเป็นลำดับมาตั้งแต่การเริ่มต้นและก่อสร้าง  ถึงขณะนี้มีระบบการบริหารจัดการในลักษณะเดียวกันในทุกหน่วย ระบบ และ ระดับงาน เช่น

ภาคีทางธรรมสำคัญ

• สวนโมกขพลาราม และ ธรรมทานมูลนิธิ ไชยา สุราษฎร์ธานี
• วัดญาณเวศกวัน พุทธมณฑล นครปฐม
• คณะสงฆ์สายวัดหนองป่าพง จังหวัดอุบลราชธานี และ สาขา
• คณะศิษย์หลวงพ่อปัญญานันทภิกขุ
• คณะศิษย์หลวงพ่อเทียน จิตตสุโภ
• เครือข่ายพุทธิกา และ พระไพศาล วิสาโล
• สถาบันวิมุตตยาลัย และ พระมหาวุฒิชัย วชิรเมธี
• มูลนิธิปัญญาประทีป – ชยสาโรภิกขุ
• มูลนิธิบ้านอารีย์
• ยุวพุทธิกสมาคมแห่งประเทศไทย ในพระบรมราชูปถัมภ์
• มูลนิธิส่งเสริมวิปัสสนากรรมฐานในพระสังฆราชูปถัมภ์
• กลุ่มธรรมะกลับตาลปัตร
• ชาวพุทธมูลนิธิ – พุทธนิคมเชียงใหม่

ฯลฯ

ภาคีความร่วมมือหลัก

• กระทรวงวัฒนธรรม
• กรุงเทพมหานคร
• การท่องเที่ยวแห่งประเทศไทย
• สำนักนายกรัฐมนตรี / บริษัท อสมท จำกัด (มหาชน) / กรมประชาสัมพันธ์ / สถานีวิทยุโทรทัศน์กองทัพบก ช่อง ๕ (ททบ.๕)
• สำนักงานกองทุนสนับสนุนการสร้างเสริมสุขภาพ (สสส.)
• บริษัท อสมท จำกัด (มหาชน) – เรียนรู้วิถีธรรม ตามรอยพุทธทาส ๒๕๕๓ – ๒๕๕๕
• จังหวัดนครศรีธรรมราช
• สำนักงานทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์
• มหาวิทยาลัยราชภัฏนครศรีธรรมราช
• สถาบันส่งเสริมและพัฒนากิจกรรมปิดทองหลังพระ สืบสานแนวพระราชดำริ
• องค์การบริหารการพัฒนาพื้นที่พิเศษเพื่อการท่องเที่ยวอย่างยั่งยืน (องค์การมหาชน) อพท.

ฯลฯ

ภาคีความร่วมมืออื่นๆ

• กลุ่มงานอำนวยการ บริหาร การเงินและบัญชี
• กลุ่มบริษัทแปลน
• อาศรมสถาปนิกชุมชนและสิ่งแวดล้อม สถาบันอาศรมศิลป์
• บริษัท อรุณ ชัยเสรี คอนซัลติ้ง เอนจิเนียร์ส จำกัด
• บริษัท เอส เอส เค เอ็นจิเนียริ่ง คอนซัลแตนท์ จำกัด
• บริษัท ออกัสท์ ดีไซน์ คอนซัลแตนท์ จำกัด
• บริษัท เอคซ์ไซท์ ดีไซน์ สตูดิโอ จำกัด
• บริษัท เอช. เอ็นจิเนียร์ จำกัด
• บริษัท A-3D จำกัด
• บริษัท สยาม แอดมินนิสเทรทีฟ แมเนจเม้นท์ จำกัด
• บริษัท เบสท์ ไดเรคชั่น ซิสเต็ม จำกัด
• บริษัท บาธรูมดีไซน์ จำกัด
• บริษัท วิชัยเทรดดิ้ง (1983) จำกัด
• บริษัท กัปตัน เพ้นท์ (ประเทศไทย) จำกัด
• บริษัท 3เอ็ม ประเทศไทย จำกัด
• บริษัท เอินส์ท แอนท์ ยัง คอร์ปอเรท เซอร์วิสเซส จำกัด
• บริษัท โทเทิล แอคเคานท์ติ้ง แมนเนจเม้นท์ จำกัด
• บริษัท สอบบัญชีสุนันท์ธนะวัฒน์ จำกัด
• บริษัท เคพีเอ็มจี ภูมิไชย สอบบัญชี จำกัด
• บริษัท เบเคอร์ แอนด์ แม็คเคนซี่ จำกัด
• เอสซีจี
• ธนาคารไทยพาณิชย์ จำกัด (มหาชน)
• กลุ่มธุรกิจการเงิน เกียรตินาคิน – ภัทร
• ธรรมภาคีร่วมบริการ จัดส่งเอกสาร ฯ
• ธรรมภาคีถอดเสียง พิมพ์ แปล ฯ

ฯลฯ

• กลุ่มงานระบบฐานข้อมูล
• ศูนย์เทคโนโลยีอิเล็กทรอนิกส์และคอมพิวเตอร์แห่งชาติ (เนคเทค)
• คณะวิศวกรรมศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล
• สำนักวิชาสารสนเทศศาสตร์ มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์
• มหาวิทยาลัยทักษิณ

ฯลฯ

• กลุ่มงานจดหมายเหตุ
• สำนักหอจดหมายเหตุแห่งชาติ กรมศิลปากร
• หอสมุดและจดหมายเหตุธนาคารแห่งประเทศไทย
• สำนักหอสมุด มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์

ฯลฯ

• กลุ่มงานการผลิตหนังสือและสื่อธรรม
• บริษัท แอดวานซ์ อินโฟร์ เซอร์วิส จำกัด (มหาชน) –เอไอเอส
• บริษัท เพลย์เวิร์ค จำกัด
• กลุ่มบ้านอิฐ
• เครือมติชน
• บริษัท อมรินทร์พริ้นติ้งแอนด์พับลิชชิ่ง จำกัด (มหาชน)
• สำนักพิมพ์นานมีบุ๊คส์
• สถานีโทรทัศน์ไทยพีบีเอส และ บริษัท สไมล์ ครีเอทีฟ กรุ๊ป จำกัด – สารคดี พื้นที่ชีวิต
• มูลนิธิสำนักงานทรัพย์สินส่วนพระมหากษัตริย์
• ธรรมสภา และ สถาบันบันลือธรรม
• สำนักพิมพ์สุขภาพใจ และ บุ๊คไทม์
• กองทุนส่งเสริมงานวัฒนธรรม กรมส่งเสริมวัฒนธรรม กระทรวงวัฒนธรรม
• โต๊ะข่าวบันเทิง และ รายการธรรมในใจ ไทยทีวีสี ช่อง ๓
• หนังสือพิมพ์ไทยรัฐ
• เครือเนชั่น – ZEN 2010 จากสวนโมกข์สู่หมู่บ้านพลัม
• สถานีโทรทัศน์โลกพระพุทธศาสนา WBTV วัดยานนาวา
• มูลนิธิมหามกุฏราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์
• ทรูปลูกปัญญา
• ศูนย์บรรณสารและสื่อการศึกษา และ อาศรมวัฒนธรรมวลัยลักษณ์ มหาวิทยาลัยวลัยลักษณ์
• ศูนย์ผลิตรายการและข่าว สำนักงานตำรวจแห่งชาติ – ธรรมะนำชีวิต

ฯลฯ

• กลุ่มงานห้องหนังสือและสื่อธรรม
• สำนักเผยแผ่ธรรม ๑๐ แห่ง
• สำนักพิมพ์ ๒๖ แห่ง
• กลุ่มผลิตสื่อธรรม ๘ กลุ่ม
• ธรรมภาคีคลังหนังสือและสื่อธรรม
• ธรรมภาคีให้บริการ กลุ่ม หนังสือและสื่อธรรม
• ธรรมภาคีให้บริการ กลุ่ม บริการหนังสือและสิ่งพิมพ์
• ธรรมภาคีให้บริการ กลุ่ม บริการซีดี และโสตทัศน์
• ธรรมภาคีให้บริการ กลุ่ม บริการเสื้อ และ สื่ออื่น
• ธรรมภาคีให้บริการ ณ หน้าสมทบทุน

ฯลฯ

• กลุ่มงานกิจกรรม
• กลุ่มอยู่เย็น เป็นประโยชน์
• เพลินธรรมนำชม
• กลุ่มโยคะ – สถาบันโยคะวิชาการ / โยคะบ้านสวน
• กลุ่มไทเก็ก
• เครือข่ายชีวิตสิกขา
• กลุ่มค่ายครอบครัวธรรมะ
• กลุ่มจิตรกรไทย
• Little Bangkok Sangha
• มูลนิธิพันดารา
• มูลนิธิหมู่บ้านพลัม ประเทศไทย
• มูลนิธิโกมลคีมทอง
• เสมสิกขาลัย
• กลุ่มอาสานำสวดมนต์ประจำวัน
• ชมรมผู้อาวุโส ปตท. และ ชมรมรักษ์ธรรม ปตท. สผ.
• มูลนิธิซิเมนต์ไทย
• มูลนิธิสยามกัมมาจล
• วิทยาลัยดุริยางคศิลป์ มหาวิทยาลัยมหิดล
• คณะละครมะขามป้อม, ตะขบป่า
• คณะนักร้องประสานเสียงสวนพลู
• บริษัท ล็อกซ์เล่ย์ จำกัด (มหาชน)
• องค์กรสร้างสรรค์เพื่อสังคม (iCARE)
• บริษัท ชูใจ จำกัด และกัลยาณมิตร
• ธนาคารจิตอาสา
• กลุ่มหลักชาวพุทธ, โรงเรียนสยามสามไตร
• โวลันเทียร์ คอนเน็ค – อาสาสื่อ สื่ออาสา
• มูลนิธิรวมใจเผยแผ่ธรรมะ (สถานีธรรมะทีวี)
• ห้องหนังสือเรือนธรรม
• สวนหนังสือเจริญกรุง
• เสถียรธรรมสถาน
• วัตรทรงธรรมกัลยาณี
• มูลนิธิมายา โคตมี
• กลุ่ม “ธรรมดา” (วัดผาณิตาราม)

ฯลฯ